서울대학교 생물정보연구소와 생물정보학 협동과정 공동 주최로 세미나를 아래와 같이 열고자 하오니, 많은 참여 바랍니다.

일시: 2017년 10월 26일 목요일 오전 11시

연사: 임상섭 (서울대학교 기초과학연구원)

장소: 서울대학교 25동 411호

 

Title

메타게놈 데이터 분석

 

Abstract

실제 메타게놈 분석 사례를 통해서, 메타게놈 분석에서 고려해야 할 사항들에 대해서 알아본다. 메타게놈 데이터 중 엑세좀 시퀀싱 데이터를 case-control study design으로 분석할 경우, 데이터 특성에서 오는 sparsity (실제 미생물 시퀀스 수에 0이 많이 존재함), compositional data (각 미생물의 비율 합이 1), quality control 과정에서 샘플과 미생물 항목을 필터링 하는 기준 등 다양한 문제들을 살펴보고, case-control study design에서 어떻게 분석 가능한지, 가능한 분석들이 어떠한 의미를 갖는지, 각 방법의 장단점은 어떠한지에 대해서 알아본다.

 

Education

Ph.D. in Information and Computer Engineering, 2014,　Ajou University, Suwon, South Korea

MS in Information and Communication Engineering, 2008,　Ajou University, Suwon, South Korea

BS in Information and Computer Engineering, 2006,　Ajou University, Suwon, South Korea

 

Professional Experience

　 　 Research fellow, 2014 fall – 2015 summer (PI: Ph.D. Kiyoung Lee),　Department of Biomedical Informatics, Ajou University School of Medicine

　 　 Research fellow, 2015 fall – present (PI: Ph.D. Taesung Park),　Department of Statistics, Seoul National University

Research Paper

1.　　　　　 Sangseob Leem, Teasung Park. EF-MDR: An Empirical Fuzzy-multifactor dimensionality reduction method for detecting gene-gene interactions. The Fifteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2017), Jan 16-18, 2017, Shenzhen, China

2.　　　　　 Sangseob Leem, Hye-young Jeong, Sungyoung Lee, Taesung Park. A novel fuzzy set based multifactor dimensionality reduction method for detecting gene-gene interaction. Computational Biology and Chemistry 65:193-202, 2016　

3.　　　　　 Sangseob Leem, Hyun-hwan Jeong, Jungseob Lee, Kyubum Wee, Kyung-Ah Sohn. Fast detection of high-order epistatic interactions in genome-wide association studies using information theoretic measure. Computational Biology and Chemistry 50:19-28, 2014

4.　　　　　 Sangseob Leem, Kyubum Wee. Prediction of SNPs interactions in complex diseases with mutual information and Boolean algebra, Journal of the Korea Society of Computer and Information, 15(10):215-224, 2010　

5.　　　　　 Hyun-hwan Jeong, Sangseob Leem, Kyubum Wee, Kyung-Ah Sohn. Integrative network analysis for survival-associated gene-gene interactions across multiple genomic profiles in ovarian cancer. Journal of Ovarian Research,8(1):42, 2015

6.　　　　　 Kyung Kim, Moon-Woo Seong, Won-Hyong Chung, Sung Sup Park, Sangseob Leem, Jihyun Kim, KiYoung Lee, Raewooon Park, Namshin Kim, Effect of next-generation exome sequencing depth for discovery of diagnostic variants, Genome& Informatics, 13(2): 31-39, 2015

7.　　　　　 Sangseob Leem, Hye-young Jeong, Taesung Park. Fuzzy set-based generalized multifactor dimensionality reduction analysis of gene-gene interactions. The 28^th International Conference on Genome Informatics (GIW 2017), accepted

8.　　　　　 Sangseob Leem, Min-Seok Kwon, Joon Yoon, Taesung Park. Gene-gene interaction analysis for rare vari-ants from NGS data. The 28^th International Conference on Genome Informatics (GIW 2017), accepted

 

 

서울대학교 생물정보연구소·생물정보학 협동과정 공동주최