차세대 생명정보를 활용한 유전체 연구 및 상용화 - 차세대 생명정보 활용을 위한 다양한 소프트웨어 개발

 

1. 차세대 생명정보의 활용을 위한 생명정보학 소프트웨어 개발 및 배포 환경(Bio-App store) 구축

2. 차세대 유전체(NGS) 데이터의 다양한 분야에서의 활용을 위한 알고리즘, 데이터 마이닝 기술, 소프트웨어, 데이터베이스의 개발

3. 개발된 소프트웨어와 데이터베이스의 상용화 모델 개발


<연구목표>

1차년도

① 생명정보학 소프트웨어 개발 환경 구축을 위한 생명정보 소비자 및 개발자용 Private Cloud 제품(Bio-App store) 개발 (클루닉스)
② NGS 기반 amplicon 분석을 위한 CLcommunity-CloudTM software 베타 버전 개발 (천연구소)
③ NGS를 통한 genomics와 comparative genomics 분석을 위한 CLgenomics-CloudTM software 베타 버전 개발 (천연구소)
④ CLsnp-CloudTM version 1.0 개발, SNP 분석을 위한 통계 분석 알고리즘 제 1, 2 모듈 개발 (중앙대)
⑤ 단백질 구조 분석 등, Virtual screening을 위한 인프라구축 (한양대)
⑥ SNP 분석을 위해 개발될 통계 분석 알고리즘의 효과적인 활용을 위한 인터액티브 사용자 인터페이스 디자인 (서울대)
⑦ mRNA-seq을 위한 short-read mapping 파이프라인 구축 및 validation NGS data 생산 (서울대)

 

2차년도

① CLcommunity-Cloud 기능 추가 및 기능 개선 업데이트 (천연구소)
② Genome hybrid assembler 자동화 구현 및 comparative genomics 웹 기능 개선(천연구소)
③ 유전자 발현 양상을 살펴보는 CLrna-seq 분석 파이프라인 구축 및 전용 애플리케이션 개발(천연구소)
④ 생명정보 S/W 개발을 위한 서비스 미들웨어 개발(클루닉스)
⑤ SNP 분석을 위한 통계 분석 알고리즘 제 3, 4 모듈 개발, CLsnp-cloud version 2.0 개발 (중앙대)
⑥ 단백질 구조 분석을 위한 Virtual screening 시스템(EzVScreenCloud) 개발 및 서비스 (한양대)
⑦ 전사체(Transcriptomics) 연구 및 비교 유전체(Comparative genomics) 연구에 활용 할 수 있는 시각화 프로그램 라이브러리 개발 (서울대)
⑧ 사업화 확대 및 홍보, 교육 활동 개최 : User workshop 개최를 통한 User 확보 및 교육 활동 (천연구소)
⑨ GiSys 플랫폼 연동을 통한 생명정보 S/W 활용 (천연구소, 클루닉스)
⑩ 다양한 NGS platform에서 나오는 다양한 data를 다룰 수 있는 프로그램 개발 및 validation data 생산 (천연구소)
⑪ 생물 정보 database의 구축 및 업데이트 (천연구소)

 

3차년도

① Public 생명정보서비스를 위한 서비스 미들웨어 확장 개발 (클루닉스)
② 통계 분석 알고리즘 제 5 모듈 개발, CLsnp-cloud version 3.0 개발, Interactive DB 1.0 개발, 질환 위험도 예측 모델 개발 (중앙대, 천연구소)
③ 세균 Metagenome 분석 파이프라인 및 전용 애플리케이션 개발(천연구소)
④ CLRNAseq-cloud 상용화 버전 개발. CLcommunity, CLgenomics 소프트웨어 업데이트 (천연구소)
⑤ Gene-to-Protein 맵핑 알고리듬 개발 (한양대)
⑥ 통계 분석 알고리즘 제 5 모듈에 기반을 둔 Pathway/Network 분석 도구 및 linkage disequilibrium 분석 및 시각화 도구 개발 (서울대, 천연구소)

 

4차년도

① Bio-App store를 위한 서비스 미들웨어 개발 완료(클루닉스)
② Interactive DB 2.0 개발, 질환 위험도 예측 서비스 1.0 개발 (중앙대, 천연구소)
③ 정확하고 효율적인 RNA sequence mapping (서울대, 천연구소)
④ Protein 구조 최적화 (한양대)
⑤ 대규모 자료 시각화 알고리즘 개발 (서울대, 천연구소)

 

5차년도

① World-class Bio-App store 구축 (클루닉스)
② 질환 위험도 예측 서비스 1.0 개발 (중앙대, 천연구소)
③ Gene-to-Virtual screening 통합시스템 구축 (한양대)
④ 사용성 평가 및 user study를 통한 서비스 개선 (서울대, 천연구소)



<참여연구원>

분 야	직 위 (직명)	성 명	소속부서	전공 및 학위
				학위	년도	전공	학교
연구총괄	조교수	서진욱	서울대학교 컴퓨터공학부	박사	2005	컴퓨터공학	메릴랜드 대학교
시각화기술개발	박사과정	조명수	서울대학교	석사	2004	컴퓨터공학	서울대학교
시각화기술개발	박사과정	송현주	서울대학교	석사	2009	컴퓨터공학	서울대학교
시각화기술개발	박사과정	정대경	서울대학교	학사	2010	컴퓨터공학	서울대학교
시각화기술개발	석사과정	고재희	서울대학교	학사	2011	컴퓨터공학	서울대학교
시각화기술개발	석사과정	고봉경	서울대학교	학사	2011	컴퓨터공학	서울대학교
시각화기술개발	석사과정	이용석	서울대학교	학사	2011	컴퓨터공학	서울대학교